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La primera mención del territorio que ocupa Barranquilla data de 1533, y fue escrita por Gonzalo Fernández de Oviedo y Valdés. En ella describe el recorrido de Pedro de Heredia, fundador de Cartagena, justo semanas antes de fundar dicha ciudad, quien afirmaba que este punto era un atracadero de canoas de indios de la Gobernación de Santa Marta, que tenían dos canoas llenas de camarones secos que traían de mercadería, e iban al río Magdalena a comerciar con dicha mercancía, sal y otras cosas.
Sin embargo, el sitio de los indios Camash (castellanizado Camacho o Camach) se conoce como el primer asentamiento humano permanente en el lugar de la actual Barranquilla. En el siglo XVI se creó una encomienda del capitán Domingo de Santa Cruz, adjudicada por la Corona Española por su notable desempeño como militar. Esta encomienda desapareció en 1559, cuando estaba en manos de Ana Ximénez viuda de Santa Cruz, quien la había recibido a raíz del fallecimiento de su esposo. Dicha señora fue víctima de un atropello de parte del segundo encomendero de Galapa, Pedro de Barros I, quien tomó arbitrariamente a toda la población encomendada de Camacho que estaba en condiciones de trabajar y se la llevó a su encomienda.
Entre 1627 y 1637, Nicolás de Barros y de la Guerra, bisnieto de Pedro de Barros I, segundo encomendero de Galapa, funda la hacienda San Nicolás de Tolentino a orillas del caño La Tablaza. Según el historiador Domingo Malabet Castañeda, el área original de la propiedad era de 24,78 kilómetros cuadrados, pero Pedro Vásquez Buezo le vendió 16,52 kilómetros cuadrados más llegando a abarcar 41,30 kilómetros cuadrados. En esta hacienda, Nicolás de Barros se vio en la necesidad de permitir a sus concertados libres que construyeran sus viviendas dentro de los límites de la misma, de tal manera que desarrollaran sus faenas en el campo y ayudaran a la manutención de sus familias. Además, después de la muerte de Nicolás de Barros, la hacienda empezó a albergar a otro género de habitantes, las personas que por motivos de salud, edad, o por mantener una relación de compadrazgo con el dueño de la hacienda, se les permitía vivir en dicha estancia. También había indígenas procedentes de Malambo y Galapa. Para 1681, la hacienda era considerada un sitio, es decir un pueblo, y con sus zonas aledañas era conocida como Barrancas de San Nicolás. Antes de 1700, el territorio correspondiente a Barranquilla había sido la capitanía Aguerra del Partido de Tierradentro. En 1772 fue erigida en corregimiento del mismo partido, con juez letrado.
La tesis sobre el origen de Barranquilla que planteaba que Barranquilla había sido fundada por ganaderos de la vecina población de Galapa que dejaron sus tierras siguiendo los hatos que buscaban mitigar la sed en las aguas del río Magdalena, promovida por la publicación del compendio histórico del historiador Domingo Malabet en la prensa local en 1876, y reproducido por Imprenta El Siglo en 1911, sin más sustento que la tradición oral, fue científicamente desvirtuada, entre otras, por la obra del geógrafo e historiador José Agustín Blanco El Norte de Tierradentro y los orígenes de Barranquilla